週日上午在馬來西亞 Sepang 賽道上照例的進行了第二階段的排位賽，之後確定了車手們在正式比賽時的起跑順序與位置。排位在前 8 名的車手從頭排起跑的車手分別是 Fernando Alonso 和 Jarno Trulli，自第二排出發的是 Giancarlo Fisichella 與 Mark Webber，由第三排開始的是 Ralf Schumacher 跟 Kimi Raikkonen，排在第 4 排的有 David Coulthard 及 Christian Klein。

前 3 名的車手與上次在澳洲站那一場比賽相同，只是第 1、3 名的車手互換位置。有意思的是，這三位車手的現在與過去都與 Renault 車隊有關，甚至連賽車都有一點點血緣關係，因為前 Renault 車隊的總設計師 Mike Gascoyne 在 2003 年底從 Renault 車隊轉往 Toyota 車隊擔任底盤技術總監一職。以往經常名列前 8 名的幾位車手中的幾位這次還是跟在澳洲站時一樣的出局了！特別明顯的例子就是駕駛紅色 Ferrari 賽車的那二位頂尖車手。

各車隊為了因應 Sepang 賽道的高溫而紛紛加強賽車的冷卻系統，並且為了讓賽車更加的適應賽道上連綿的彎道和高速的直線路段，多數的車隊也對賽車的空氣力學套件進行了修改。例如 Sauber 車隊為賽車改良散熱器的通道，以增加空氣的流量。BAR、Willams、McLaren 車隊就將車身二側進氣口下方的車底板加大。Toyota 車隊則是改變前鼻翼的設計，加長鼻翼中段下陷部位的長度。而 Red Bull 車隊更是改變了車身二側的進氣艙與排熱煙囪的設計。

由 Safety Car 帶領 20 輛參賽的賽車進行繞場一周的暖胎圈，完成之後賽車在各自的起跑格位中靜待起跑的燈號，賽道上方的 5 個紅燈依序亮起，當 5 個紅燈同時熄滅之後，馬來西亞站 56 圈的比賽隨即展開。排在車道左側的 Alonso 和 Fisichella 立即帶著他們的 Renault 賽車往前衝刺，而排在他們右邊的 Trulli 也駕的他的 Toyota 賽車毫不遜色的並駕齊驅。自第 12 順位起跑的 Barrichello 和他的 Ferrari 賽車則被逼到賽道右側的強邊，情狀驚險萬分。從第 5 順位起跑的 R. Schumacher 在起跑之後便被 Webber 和 Raikkonen 夾殺。就在眾車奮力爭取排位之時，大家也都來到了第一個彎道，在進入第一個彎道時，排位在前方的幾輛賽車漸漸的排成一列，而賽道上排名的順序也逐一形成，賽道上前 6 名的車手依序為： Alonso、Trulli、Fisichella、Webber、R. Schumacher、Raikkonen。帶頭的賽車迅速的拉開與後方賽車的距離，在完成第 1 圈時第 1 名的 Alonso 和緊緊跟隨的 Trulli 已經有了 2 秒鐘的差距。

第 2 圈時，BAR 車隊的 Button 在起跑區的直路底對前方的 Raikkonen 展開攻勢，不過被 Raikkonen 成功防守下來，而在彎道入口將 Button 給逼入彎道內側。在 Button 加速出彎時，賽車後方出現幾縷青煙，似乎是引擎準備縮缸的前兆。在第 3 圈時，由於 Minardi 車隊的 Friesacher 衝出賽道，賽會立即舉出黃旗。不久 Button 的 BAR 賽車拖著灰白色的煙霧逐漸的駛離賽道。相隔不到 20 秒，由 Davidson 所駕駛的另外一輛 BAR 賽車也因為引擎著火而退出賽道。這二輛 BAR 賽車在馬來西亞站的比賽中換用了 Honda 的新引擎，卻在開賽後跑不到 3 圈就陸續掛點，這樣的情況真的令人意外！在第 16 圈時，Renault 車隊的工程師透過無線電告訴 Fisichella 還可以將他的引擎轉速拉得更高。

在第 19 圈時，Toyota 車隊的 Trulli 做出 1 分 35.816 秒的最快單圈速度。當這一圈即將結束之前，Red Bull 車隊的 Klein 率先進到維修區去加油。在第 21 圈時，Toyota 車隊的 R. Schumacher 與 Willams 車隊的 Webber 一前一後的進到維修區去加油。之後賽道上的車手陸陸續續的進到維修區去加油。現在第 1 名的 Alonso 和第 2 名的 Trulli 之間的差距已經拉開到 7.717 秒鐘。在第 22 圈時，領先的 Alonso 和 Trulli 在同一時間進到維修區去加油；Renault 車隊的技師為 Alonso 的賽車的前鼻翼做了調整並且為溫度極高的輪胎釋放一部份的壓力，以避免發生爆胎。在第 23 圈時，Fisichella 進到維修區去加油，並同樣調整前鼻翼和釋放胎壓。在第 25 圈時，Raikkonen 進到維修區去加油，以及調整前鼻翼和釋放胎壓。在第 26 圈時，Raikkonen 才剛出維修區不久就在直線路段上發生爆胎，導致它的賽車衝進緩衝區，之後他以 3 個輪子慢慢的滾行到維修區去更換右後輪。基於新賽例的規定，他僅能夠更換右後輪，而不能夠順便更換其他的輪胎。在第 27 圈時，Jacques Villeneuve 的賽車在起跑區的大直路底失控並且衝進緩衝區而動彈不得，賽會再次舉出黃旗。

在第 28 圈時，Renault 車隊的工程師透過無線電告訴 Fisichella，他每一圈的速度都比他的隊友 Alonso 慢 1 秒。

在第 33 圈時，Fisichella 的賽車似乎是有問題，已經被落後的集團給逼近了，此時 Webber 企圖超越前方的 Fisichella，但都被 Fisichella 成功的阻擋。反而是跟在 Webber 後面的 R. Schumacher 耐不住性子的在彎道上準備超越 Webber，結果二輛賽車發生輕微的碰撞，所幸沒有什麼大礙，接著在出彎時 R. Schumacher 卻被跟在後面的 Heidfeld 超越。在第 34 圈時，駕駛 Ferrari 賽車的 Barrichello 被 Red Bull 車隊的 Coulthard 超越，這時後駕駛另外一輛 Red Bull 賽車的 Klein 則是對 Barrichello 虎視眈眈的隨時想超越。Klein 在下一圈中順利地將 Barrichello 超越，成功推進一個位置。在第 37 圈時，Webber 在直線路段上再次對前方的 Fisichella 展開攻勢，由於 Fisichella 極力的防守，並在直路底採取延後煞車的策略，結果使得二輛賽車撞在一起並且衝進緩衝區。賽會又一次的舉出黃旗。

在第 42 圈時，R. Schumacher 的 Toyota 賽車右側的前鼻翼有一片翼板脫落，使 R. Schumacher 必須立即回到維修區去更換前車鼻與鼻翼。在第 46 圈時，第 1 名的 Alonso 和第 2 名的 Trulli 之間的差距已經拉開到 12.679 秒。在第 51 圈時， Barrichello 將他的 Ferrari 賽車開回到維修區，並且退出比賽。此時見到 Barrichello 的賽車了二個後輪都已經被磨到好像光頭胎一般，而嚴重影響賽車的安全。在第 53 圈時，工程師以無線電通知 M. Schumacher 要注意輪胎磨損的情況。比賽穩定的進行到最後一圈，由 Alonso 奪得馬來西亞站的分站冠軍，Trulli 獲得亞軍，Heidfeld 奪得季軍；後續的第 4 到第 8 名分依序是 Montoya、R. Schumacher、Coulthard、M. Schumacher、Klein。

這次共有 13 輛賽車完成了這場精彩的比賽。Renault 車隊再次取得分站冠軍，在今年開季以來的二場比賽中連續的奪得冠軍，並且與第 2 名的車隊保持著相當的距離，顯示今年的 Renault 賽車有著長足的進步。第二名的 Toyota 車隊則是第一次站上頒獎台，Trulli 與 R. Schumacher 分別獲得第 2 和第 5 名，也是首次有二輛 Toyota 的賽車獲得前 5 名的比賽成績，這樣的成績讓人難與去年的 Toyota 車隊做聯想；這也顯示首次由 Mike Gascoyne 所主導研發的 TF105 賽車是朝著正確的方向進行發展。有二輛 Red Bull 車隊的車手 Coulthard 和 Klein 分別以第 6 和第 8 名完成比賽，並且取得積分；這二位車手在上一場比賽中也分別以第 4 和第 7 名完成比賽；從 Red Bull 車隊在賽季的前二站比賽的成績來看，與它的前身 Jaguar 車隊之間有著天與地的差別。