於 2012 年巴黎車展上，Honda 除了正式展出新一代歐規 CR-V，以及 Civic 新增的 1.6 升柴油新動力之外，也正式推出了 2013 年式小改款 CR-Z。小改款車型除了在外觀內裝部份的修飾外，其所搭載的油電混合動力系統部份亦有所更新，藉由車型小改款的動作強化此車在動力性能上的表現，進一步提升車輛的加速性能及操控樂趣。

於 2012 年巴黎車展上正式登場的 2013 年式小改款 CR-Z，外觀部份藉由水箱罩及前後保桿線條的修飾，賦予其更為動感的外觀風格，並提供了新型式的 17 吋多幅式鋁圈。

在現行車款既有的輪廓基礎下，2013 年式小改款 CR-Z 針對車頭線條部份進行了修飾，其中最為明顯的改變，便是修改了車頭大型水箱護罩的線條架構，並將原有的三柵式設計取消，改採蜂巢式的黑色進氣護網設計，並加大了保桿兩側進氣柵的面積，霧燈也由原本的橢圓型改採圓形設計，而保桿下緣也向前延伸塑造出近似下擾流板的視覺效果。車尾部份也在後保桿下方改採新型式的造型，並將反光板移至上方，藉以和車頭的外觀變更相互呼應。

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內裝部份，2013 年式小改款 CR-Z 則是藉由座椅及門板材質的變化，並加入了 LED 室內照明光源，進一步提升內裝質感的表現。而在高階 GT 車款上，原廠更提供了紅色縫線的方向盤、座椅、門板及排檔頭，提升車室內的性能風格表現。此外，小改款 CR-Z 也提供了新型的 17 吋多幅式鋁圈供 GT 車款配備，並較舊款車型多了兩款新的車色選擇。

小改款 CR-Z 主要針對座椅及門板材質進行改良，並加入了 LED 室內照明光源強化質感，其餘的配置則與現行車款無異。

動力部份，2013 年式小改款 CR-Z 維持既有的 1.5 升 i-VTEC 汽油引擎，但原廠特別針對其可變汽門正時系統及引擎電腦進行調整，並導入了引擎爆震感知器以及曲軸材質的提升，藉由上述的調整後，使這具引擎的最大馬力輸出，由原本的 114 匹提升至 121 匹最大馬力水準。而與汽油引擎相互搭配的薄型無刷馬達，與其搭配的鎳氫電池亦改採儲放電效率更高的鋰電池，讓這具電動馬達的最大馬力輸出由 14 匹提升至 20 匹的表現。

小改款 CR-Z 不但將綜效輸出馬力提升至 137 匹的水準，並首度加入了 S+強化動力輸出模式，只要電池電量超過 50%以上，駕駛者便可藉由方向盤上方的按鍵啟動這套系統，帶來更為強勁的車輛加速表現。

在汽油引擎與電動馬達輸出同步提升的前提下，其綜效輸出也由舊款的 124 匹提升至 137 匹的最大馬力，而最大扭力輸出則是由原本的 17.7 公斤米增加至 19.4 公斤米。根據原廠提供的測試數據顯示，2013 年式小改款 CR-Z 由靜止加速至時速每小時 100 公里僅需 9.0 秒就可完成，較舊款車型消去了 0.7 秒，而極速則為每小時 200 公里。此外，為了強化車輛的運動性格，小改款車型首度加入了 S+強化動力輸出模式，只要電池電量超過 50%以上，駕駛者便可藉由方向盤上方的按鍵啟動這套系統，藉此帶來更為靈敏的動力反應。